Первоначально монастырь Соловецкий был совсем крохотный. Там была построена небольшая успенская церковь, рядышком с ней небольшая трапезная палата. Идет время и монастырь начинает потихоньку с годами расстраиваться.

Сюда приезжает новая братия, приезжают трудники и по строительству монастыря помогают. Первый монастырь был деревянный, но у деревянных построек есть одна особенность: они очень легко горят. В первые 100 лет своего существования первый соловецкий деревянный монастырь переживет два сильнейших пожара и последний пожар 1538 года уничтожит его совсем. То есть монастырь сгорел дотла, причем вместе с припасами. Тогда же было принято решение о начале каменного строительства.
История этого места начинается в 1429 году, когда на Большой соловецкий остров по морю приходят два монаха пустынника. Их звали Герман и Савватий. Они проведут на острове шесть лет.

В 1435 году преподобный Савватий почувствовал, что дни его сочтены и ему нужно вернуться на материк, чтобы отойти к Господу. Вместе с этим преподобный Герман отправляется на материк по хозяйственным делам и в следующем 1436 году возвращается вместе с преподобным Зосимой.
Как гласит предание, однажды во время прогулки по острову у преподобного Зосимы было видение, он увидел прекрасную церковь парящую в воздухе. Это было принято за знак: был заложен крест и было дано начало Соловецкой обители.
Восемь лет, начиная с 1668 года, монастырь был в осаде, потому что не принял новую церковную реформу патриарха Никона. На протяжении этих лет на крепость насылали стрельцов, устраивали ему продовольственную блокаду и лишали воды. Крепость была взята из-за предательства одного монаха, мятежников жестоко убили и скинули в озеро. Летом 76 года с началом навигации на Соловки приехал новый настоятель Макарий.
В разные века на обитель нападали шведы и англичане, но никому крепость взять не удалось. Во время Крымской войны два фрегата Бриз и Миранда из своих 120 пушек будут обстреливать Соловецкую обитель на протяжении 9 часов и 15 минут, в сторону монастыря будет выпущено более 1800 разных калибров их ядер и резервных снарядов. И вот представьте, проходит 9 часов 15 минут. Рассеивается, да, оседает этот пороховой дым и окажется, что никакого вреда этой валунной кладке 16 века обстрел не принес. Потому что те ядра, которые попадали в стену с внешней стороны, ударились в камни и просто отскакивали от камней. А те что перелетали, ну они собственно тоже никакого ощутимого вреда монастырским постройкам не нанесли. Конечно это было объявлено чудом.
После секуляризации монастырских земель в 1764 году монастырь начал интенсивно развивать монастырское хозяйство. В итоге у монастыря было у монастыря на архипелаге более 50 успешно действующих производств. Здесь добывали соль, изготавливали кирпичи и изразцы, сушили зерно, делали агар-агар, производили судна и др. Это был один из наиболее развитых монастырей в Российской империи.
Первые тюрьмы при монастыре появятся еще со строительством каменной крепости — в конце 16 века. Было три основных категории узников:

1 категория — так называемые узники «под начало» В этом случае монастырь выступал в качестве такого реабилитационного центра.
Такие узники жили, ели, молились и работали с монахами, а целом могли делать что угодно, единственное — им запрещалось покидать монастырские стены.

2 категория — «узники под караул»
Таких узников уже держали в казематах, но выводили на прогулки.

3 категория — «узники тайны» Таких узников из казематов уже не выпускали. К ним ставили караул, который приносил им все, что понадобится. Тогда не существовало такого понятия как «срок заключения» — они могли провести в тюрьме столько времени, сколько, как казалось монахам, нужно времени для их исправления.
В 1920 году на Соловках был открыт СЛОН — Соловецкий лагерь особого назначения. Это был первый в СССР исправительно-трудовой лагерь, в основу которого легла идея, что заключенные должны постоянно трудиться на общественных работах и предприятиях во благо развития экономики. Монастырь был закрыт, его территорию отдали под камеры для арестантов.
В 1929 году эта система была признана успешной и распространилась на другие территории. Собственно аббревиатура ГУЛАГ — это главное управление лагерей.
Здесь узники подвергались пыткам, умирали на тяжелейших работах (зимние лесозаготовки, добыча торфа), были расстреляны. Из-за отдаленности от материка и тяжелых погодных условий не зафиксировано ни одной успешной попытки побега с Соловецких островов. В 1937 году лагерь на Соловках ликвидируют и делают тут тюрьму — СТОН, Соловецкую тюрьму особого назначения.
Через два года тюрьму на Соловках закрыли и отдали эти территории военным. В 1940—1957 годах на островах квартировался Учебный отряд Северного флота. В мае 1942 года здесь была создана школа юнг Северного флота, сформированная из 14−16-летних мальчиков. После обучения они вместе со взрослыми отправлялись на фронт.
В шестидесятых годах, после закрытия базы Северного флота, Соловки стали открыты для всех желающих. Здесь начались ремонтные и реставрационные работы, а в 1967 году был образован Соловецкий историко-архитектурный музей-заповедник.
В 1991 году комплекс памятников архитектуры Соловецкого архипелага включен в Список памятников всемирного культурного наследия ЮНЕСКО, а в 1995 году — в Государственный свод особо ценных объектов культурного наследия народов Российской Федерации.

25 октября 1990 года постановлением Священного Синода Русской Православной Церкви было определено: «Возродить монашескую жизнь в Соловецком Зосимо-Савватиевском ставропигиальном мужском монастыре и исполняющим обязанности наместника монастыря назначить игумена Германа (Чеботаря)». То есть с 1990 года Соловецкий монастырь вновь заработал.
I